С 1917 по 1940 гг. ему постепенно были переданы все архитектурные, исторические и художественные памятники города.

Во время Великой Отечественной войны его коллекции были частично уничтожены, частично - увезены в Германию, а архитектурные сооружения - разрушены.

В послевоенные годы Новгородский музей был создан заново, пройдя путь от Областного краеведческого до имеющего федеральный статус Новгородского государственного объединенного музея-заповедника, включенного в Свод особенно ценных объектов культурного наследия народов РФ.

Сформированная заново археологическая, нумизматическая, иконописная, ювелирная, книжная и др. коллекции уникальны не только сами по себе, но и возможностью вместе с грандиозным архитектурном и монументально-живописным комплексом XI-XIX вв. (в оперативном управлении музея находится 95 памятников зодчества) проследить взаимосвязанность и непрерывность исторического и художественного развития Великого Новгорода на протяжении целого тысячелетия. фонды музея насчитывают более 400 000 единиц хранения основного фонда.

Новгородское музейное объединение - едва ли не единственная в России музейная структура, полностью сохранившая за собою все имеющиеся до 1991 г. филиалы в гг. Боровичи, Чудово, Валдае, Старой Руссе, Великом Новгороде. Оно, объединение, имеет 36 экспозиций и стационарных выставок, половина которых за последние 10 лет были или кардинально перестроена (все экспозиции музея-усадьбы А.В. Суворова, музея колоколов в Валдае, музея Северо-западного фронта в старой Руссе, Дом-музей Ф.М. Достоевского в Старой Руссе, ц. Спаса на Ильине в Великом Новгороде) или созданы заново: экспозиции Музея изобразительных искусств (Дворянское собрание); лицевого и орнаментального шитья XII-XVII вв. (Иоанновский корпус); стационарные выставки "Спасенные фрески" (гридница на Ярославовом Дворище), выставки а архитектурных памятниках собора Рождества Богородицы Антониев а монастыря, цц. Федора Стратилата на Ручью, Рождества Христова на кладбище в Великом Новгороде, Музей уездного города в Валдае, "История сельскохозяйственной школы имени Н. А. Некрасова" в Чудове.